В 1989 г. потерявший наполовину зрение Ясин снова был арестован. В 1991 г. его осудили к пожизненному заключению за участие в убийстве палестинцев, «сотрудничавших с правительством Израиля», и за покушение на израильских солдат.

В 1997 г. израильтяне предприняли на территории Иордании секретную операцию по ликвидации Халеда Машаля. Операция не удалась, а израильские агенты были арестованы. Для улаживания скандала израильтяне были вынуждены освободить Ясина. В июле шейх был депортирован в Иорданию, а оттуда выехал на территорию Палестинской автономии.

Летом 2003 г. Израиль попытался убить руководителей «Хамас» во главе с Ясином. Однако в результате операции шейх остался жив.

Шейх Ахмед Исмаил Ясин был убит 22 марта 2004 года, после того как он на инвалидной коляске выехал из мечети. Вместе с ним были убиты три человека и десять получили ранения. Причиной гибели стала ракета, выпущенная с израильского вертолета.