В июле 2003 года, при невыясненных обстоятельствах, в результате взрыва в исследовательском центре, погиб ведущий иранский конструктор баллистических ракет Али-Махмуди Миманд. Взрыв произошёл во время тестирования систем для баллистических ракет «Шихаб-3». Неофициально Иран полагает, что к взрыву мог иметь отношение «Моссад».

Есть предположение, что «Моссад» причастен к исчезновению 7 февраля 2007 года в Стамбуле бывшего заместителя министра обороны Ирана и командующего Корпусом стражей исламской революции генерала Али Реза Аскари. Через месяц генерал объявился уже в США, где попросил убежища.

Хотя «Моссад» и не удалось полностью остановить ядерную программу Ирана, однако её реализация была существенно задержана. Как признался Дани Ятом, он встречался по этому поводу с Ельциным, Черномырдиным и Путиным (на тот момент директором ФСБ), но ему не удалось переубедить Россию прекратить ядерное сотрудничество с Ираном. По его мнению, требуя у «Моссад» информацию о якобы несанкционированных поставках ядерных технологий в Иран, российские чиновники скорее пытались выявить источники утечки информации, чем перекрыть каналы поставки.

О саботаже иранской ядерной программы со стороны «Моссад» пишет также Ричард Сэйл в Middle East Times. Он ссылается на мнение ряда экспертов, которые утверждают, что «теперь цель состоит в том, чтобы на максимально долгий срок оттянуть время, когда Иран окажется на грани обладания ядерным оружием» и для этого «Моссад» убивает иранских учёных-ядерщиков, а также создаёт препятствия к получению Ираном ядерных технологий.